Программа направлена на подготовку специалистов в различных областях: фундаментальная, прикладная и вычислительная математика, вычислительная механика и математическая физика, информатика, программирование и вычислительная техника. Основная задача обучения состоит в том, чтобы сформировать у будущих специалистов глубокие знания по фундаментальным дисциплинам в сочетании с современными навыками в сфере компьютерных наук. Специалисты данного направления учатся разрабатывать прикладное программное обеспечение для математического моделирования сложных систем самостоятельно или в команде.

Отличительной особенностью выпускников направления является их способность самостоятельно или в составе коллектива разрабатывать прикладное программное обеспечение для математического моделирования сложных систем. На базе кафедры ФН11, которая ведет подготовку специалистов по данной программе, создан Научно-образовательный центр «Суперкомпьютерное инженерное моделирование и разработка программных комплексов» (НОЦ «СИМПЛЕКС» МГТУ им.Н.Э.Баумана). Суперкомпьютерная индустрия в настоящее время переживает бурное развитие, внедрение суперкомпьютеров приводит к революционному изменению процесса инженерного проектирования, процессов обработки больших объемов данных. Основными сотрудниками НОЦ «СИМПЛЕКС» являются выпускники кафедры ФН-11, некоторые из которых имеют степень кандидата физико-математических наук. В деятельности НОЦ очень активно участвуют студенты кафедры.